হেফাজতে ইসলাম বাংলাদেশের আমির আল্লামা হাফেজ জুনায়েদ বাবুনগরী ও সদ্য বিদায়ী সেক্রেটারি মামুনুল হকসহ শীর্ষ নেতাদের বিরুদ্ধে সংগঠনের তহবিলের অর্থ আত্মসাৎ ও দুর্নীতির অভিযোগে চলছে অনুসন্ধান। দুর্নীতি দমন কমিশন (দুদক) প্রাথমিক পর্যায়ে হেফাজতের অর্ধশত নেতার তালিকা নিয়ে অনুসন্ধান কার্যক্রম পরিচালনা করছে। ইতোমধ্যে দুদকের প্রধান কার্যালয় থেকে শীর্ষ নেতাদের তথ্য-উপাত্ত চেয়ে সরকারি ও বেসরকারি বিভিন্ন প্রতিষ্ঠানের কাছে চিঠি দেওয়া শুরু হয়েছে।
সংগঠনের শীর্ষ ওই নেতাদের বিরুদ্ধে অভিযোগ, তারা সংগঠনের তহবিল, বিভিন্ন মাদরাসা, এতিমখানা ও ইসলামী প্রতিষ্ঠানের অর্থ এবং ধর্মীয় কাজে দেশে আগত বৈদেশিক সহায়তা আত্মসাৎ বা স্থানান্তর করেছেন।
দুদকের তালিকায় হেফাজতে ইসলামের যে অর্ধশত নেতার নাম এসেছে তারা হলেন- সংগঠনটির সাবেক আমির ও হাটহাজারি মাদরাসার মহাসচিব আল্লামা হাফেজ জুনায়েদ বাবুনগরী, হেফাজতে ইসলামের ঢাকা মহানগর শাখার সাবেক যুগ্ম মহাসচিব মাওলানা জুনাইদ আল হাবিব, সাবেক যুগ্ম মহাসচিব ও ঢাকা মহানগর হেফাজতে ইসলামের সেক্রেটারি মাওলানা মামুনুল হক, সাবেক সহ-সাংগঠনিক সম্পাদক মাওলানা আতাউল্লাহ আমিন, সাবেক অর্থ সম্পাদক মাওলানা মুফতি মনির হোসাইন কাসেমী, হেফাজতে ইসলাম ঢাকা মহানগরের সাবেক যুগ্ম মহাসচিব মাওলানা খালেদ সাইফুল্লাহ আইয়ুবী, সাবেক সদস্য মাওলানা নুর হোসাইন নুরানী, ঢাকা মহানগরের সাবেক সহ-সাংগঠনিক সম্পাদক মাওলানা মুফতি সাখাওয়াত হোসাইন রাজী, সাবেক সহকারী অর্থ সম্পাদক মাওলানা মুহাম্মদ আহসান উল্লাহ, সাবেক শিক্ষা ও সংস্কৃতি সম্পাদক মাওলানা হারুন ইজাহার, সাবেক সহকারী আন্তর্জাতিক সম্পাদক মাওলানা শোয়াইব আহমেদ।
